בחודש מאי 2013 הגישה המועצה המקומית מג'דל שמס תביעה משפטית כנגד משרד הביטחון ובה דרישה לאכוף על המשרד תשלומי ארנונה,בגין נכס שהמשרד מחזיק בתחום המוניציפאלי של היישוב. הנכס הוא מוצב צבאי שהוא חלק משרשרת המוצבים שצה"ל מחזיק בסמוך לגבול עם סוריה.
מגד'ל שמס נגד משהב"ט: שלמו ארנונה על מוצב
מג'דל שמס: השטח שיועבר יוכרז כשמורה
בכתב התביעה שהוגש לבית המשפט נטען כי צה"ל חייב למועצה המקומית מג'דל שמס סכום של 1,374,912 שקל. בעקבות הגשת התביעה נטען על ידי משרד הביטחון כי "מדובר בדרישה מקוממת, לגביית ארנונה ממוצב לחימה שיושב על הגבול, ואשר כמו כל המוצבים הדומים לו בכל גבולות הארץ, פטור מתשלום כלשהו". מנגד, טען עו"ד איתי בסיס ממשרד "רוזן", שייצג את המועצה המקומית, כי "עצם העובדה שדרך הגישה למוצב עוברת בתוך היישוב ומתוחזקת בידי המועצה המקומית, די בה לטעון שהמוצב מקבל שירותים מהמועצה המקומית".
תשלומי ארנונה עבור מתקנים צבאיים הם נושא שנוי במחלוקת, זאת משום שבצווי הארנונה של הרשויות המקומיות אין הגדרה נפרדת למתקנים צבאיים, וכל רשות מחליטה כראות עינה מהו גובה הארנונה עבור המתקנים הצבאיים. במשרד הביטחון טוענים שהוצאות המשרד על ארנונה עלו בשיעור חד בשנים האחרונות, ושמן הראוי שלמתקנים צבאיים ייקבע סיווג מיוחד.
למרות הטענות העקרוניות של משרד הביטחון, במקרה של מג'דל שמס, הם העדיפו הסדר פשרה על פיו ישלם צה"ל החל משנת 2014 ועד סוף 2019 סכום של 6,776 שקל לשנה עבור מוצב בשטח בנוי של 304 מ'. עבור השימוש במוצב בכל השנים שקדמו ועד סוף שנת 2013 ישלם צה"ל למג'דל שמס 120,000 שקל.
בסיכומו של דבר, התעריף שישלם צה"ל עבור המוצב במג'דל שמס הוא 22.28 שקלים למ"ר לשנה. יחסית מדובר בתעריף זול. לשם השוואה, התעריף המינימלי שמשלמים עסקים בקרית שמונה, הוא 55.89 שקלים, אבל יש גם סיווגים יקרים בהרבה. חברת החשמל, לדוגמא, צריכה לשלם 193.29 שקלים למ"ר לשנה עבור המתקנים שהיא מחזיקה בשטח המוניציפאלי של קרית שמונה.
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה: "הגענו להסכם פשרה כולל עם המועצה המקומית מג'דל שמס בנוגע לתשלומי הארנונה בגין מתקן ביטחוני המצוי בתחומה".